生物多样性是人类赖以生存和发展的基础。作为世界上生物多样性最丰富也是受威胁最严重的国家之一，我国就地保护和迁地保护并举，科学研究和科学普及并重，生物多样性保护成效显着，走出了一条具有鲜明中国特色的生物多样性保护之路。但生物多样性保护作为一个系统工程，涉及学科多、部门广，还存在概念认知不清、部门协调不足、保护方式机械等亟待解决的短板弱项。因此，保护生物多样性需要坚持系统思维，遵循系统论的基本原理和基本规律，从把握系统特征的视角全局谋划、协同推进。
牢牢把握整体性原则。生物多样性本身就是由生命系统和生态系统组成的有机整体，保护生物多样性需要强调系统的整体性。在保护对象上，既要全面保护大熊猫、白鳍豚等明星物种，也要全面保护银杏、水杉、莲等常见物种的野生种群；既要全面保护哺乳动物、维管植物、鸟类等备受关注、研究较多的物种，也要全面保护蜘蛛、苔藓、地衣等易被忽视的冷门单元。在保护内容上，既要强化对各物种的保护，也要强化对物种内部蕴含的遗传多样性的保护；既要强调对森林、灌丛、草原的保护，也要强化包括荒漠、水生植被、冰缘稀疏植被等生态系统的全面保护。在保护方法上，既要从被保护物种的整体种群出发，把该物种放在相应的生态系统中加以整体研究和科学保护，也要深刻把握&濒诲辩耻辞;山水林田湖草沙是生命共同体&谤诲辩耻辞;的系统思维，把不同的生态系统作为有机整体并置于更高一级的生态系统中加以研判分析。
牢牢把握结构性原则。一方面，要在微观尺度上解析基因调控规律，探寻物种演化历程和遗传现状，揭示物种之间的生存斗争规律，&濒诲辩耻辞;一种一策&谤诲辩耻辞;开展科学保护；另一方面，要在宏观尺度上洞察生态系统内部结构和外部环境相互作用规律，了解生态系统抵抗力、恢复力以及动态演替规律，科学开展生态系统修复。美国&濒诲辩耻辞;除狼行动&谤诲辩耻辞;、澳大利亚&濒诲辩耻辞;人兔战争&谤诲辩耻辞;等反面案例都因不遵守系统的结构性原则，违背了生物链、生态链的自然规律，适得其反，而且造成了严重的后果。
牢牢把握开放性原则。系统向外界环境开放是良好发展的前提，也是系统保持稳定的重要条件，但开放的生态系统和栖息其间的物种也面临着诸如水资源枯竭、重金属污染、外来物种入侵等问题。因此，加强生物多样性保护，需要牢牢把握系统的开放性原则。要牢固树立边界意识，减少人类活动对自然环境的干扰和破坏，还自然以净土。同时，要系统科学加强生态修复，以自然规律加快推动濒危物种种群复壮、破碎生态系统向原始顶级群落演替。
牢牢把握动态性原则。动态性是系统保持相对稳定的重要特征。气候在变暖，板块在漂移，生物在进化。因此，要坚持用发展的眼光看问题，在实施生物多样性保护重大工程和生态系统修复重大工程时，应提前预判，适度超前。面对外部环境变化，物种和生态系统都有一定的自我适应能力，但是需要较长时间。为此，也需要以绿色低碳发展来有效减缓全球变暖的速度，为物种争取足够的时间来适应环境。同时，要及时更新调整政策。面对以气候变暖为代表的不断变化的环境形势和以高通量测序技术等为代表的不断迭代的高新科技，要紧跟国际保护理念和保护方法前沿，动态调整相关保护政策和措施，以高效、实用的对策推动生物多样性保护工作再上新台阶。
